空气消毒机的消杀方式有很多种，用得比较多的是紫外线、等离子、臭氧、过氧化氢等，这几种消毒方式有效使用都是可以达到医用消毒级别的，即对室内自然菌和病毒灭杀率达到了90%以上。
目前市面上大部分紫外线空气消毒机和等离子空气消毒机都可以实现人机共存，被称之为动态消毒机；臭氧和过氧化氢在消毒时会有异味产生，对人体呼吸黏膜有损害，消杀作业期间人员应离开现场，被称之为静态消毒。